I processi di bioremediation sono basati sulle attività metaboliche svolte da microrganismi procarioti (batteri) e/o eucarioti (funghi) a carico di composti frequentemente ma non esclusivamente organici, in comparti ambientali diversi (suolo, acque, ed altri). Per comprendere le possibilità offerte all’intervento umano al fine di controllare e orientare tali attività, è necessario tenere presenti alcuni concetti generali sul metabolismo microbico ed in particolare sulla sua fase
catabolica (produzione di energia attraverso reazioni chimiche), che è quella fondamentale nei processi di bioremediation.